Учебный процесс в университете осуществляется на основе образовательных стандартов, принятых Евро-Азиатской Аккредитационной Ассоциацией в 2009 г. (далее ЕААА). В свою очередь, ЕААА входит в семью региональных аккредитационных агентств, которые охватывают евангельские учебные заведения по всему земному шару. Все они входят в ICETE (Международный Совет по евангельскому богословскому образованию).

С 1 сентября 2009 года университет перешёл на новый стандарт расчета академической нагрузки. За один кредит принимается 25 рабочих (астрономических) часов учебной нагрузки, что является эквивалентом кредиту ECTS (Европейской кредитно-трансфертной системе), принятому за единицу измерения в Европейском образовательном сообществе и Болонском процессе.

Университет стремится создавать все условия для самостоятельной познавательной деятельности учащихся, обеспечивая необходимыми ресурсами. Все студенты университета имеют доступ к электронному каталогу библиотеки университета и ЕААА. Для авторизации в каталоге ЕААА необходимо обратиться к заведующему библиотекой университета Альтгаузен Наталье Давыдовне.

В каталоге Кубанского евангельского христианского университета книги, обозначенные как «эл. кат. ЕААА», указывают на возможность доступа к электронному экземпляру книги в библиотеке ЕААА.